Nehéz megítélni, hogy a térségben mennyire ismert a nagy formátumú és mélyen hívő arisztokrata élete és vértanúsága. A fordulat éve előtt a polgári közvélemény még nagyon is tisztában volt Esterházy János tevékenységével. Amíg lehetett, hírek is jelentek meg vele kapcsolatban. Drámai módon Magyarországon az utolsó híradás 1947 októberében volt olvasható: Pozsonyban kötél általi halálra ítélték a szlovákiai Magyar Párt volt elnökét, Esterházy Jánost.
Karol Bedrna tanácselnök annak ellenére is fontosnak tartotta az ítélet meghozatalát, hogy tisztában volt azzal: a vádlott nem szökésben van – ahogy hivatalosan állították –, hanem Gustáv Husák parancsára rab a Szovjetunióban: egy év lubjankai fogság és az ott bekövetkező elítélés után Szibériába deportálták. Az első életjelet csak két évvel elhurcolása után küldhette a családjának. Egy kis papírfecnin üzente: „Tíz évet kaptam. Hitemet nem veszítettem el. Isten és minden szentje itt van velem. Mindannyitokért imádkozom.”
A diktatúra „jogalkalmazására” jellemző módon a halálos ítélettel végződő pozsonyi tárgyaláson nem hallgattak meg tanút, és a hivatalból kiküldött védő mindössze öt napot kapott a vádirat áttekintésére. A Magyar Nemzet korabeli híradása egy név nélkül említett csehszlovákiai kommunista véleményét idézte, aki szerint Esterházy személyében az egész szlovákiai magyarság nyakába dobták a kötelet. A szlovákiai magyarok alkotják a bűnbakot, amely a nagyobb szlovák bűnöket hatálytalanítja – minősítette az ítéletet a baloldali politikus, aki, ma már tudjuk, Fábry Zoltán volt.
A kortársak számára is nyilvánvaló volt a jogtiprás és a megfélemlítés. Ám a vértanú politikus, aki egész 12 éves pályafutása alatt a nemzetiségek közötti megbékélést munkálta, üldözöttek sokaságának életét mentette meg, mégsem akasztófán fejezte be életét. Igaz, 1945-ös elhurcolása után szabadon többé már nem élhetett. Két évvel Karol Bedrna halálos ítéletét követően a szovjetek kiadták a csehszlovák hatóságoknak a Gulag táborában súlyosan megbetegedett Esterházyt. A kivégzést nem hajtották végre rajta, mert a halálos ítéletet Klement Gottwald kommunista elnök időközben életfogytiglanra mérsékelte, majd 25 év letöltendő börtönbüntetést kapott. Börtönben halt meg, a gyógyíthatatlan betegségét – szibériai tébécé – éhséggel, hideggel súlyosbító végelgyöngülésben. Mindössze 56 éves volt.

Esterházy János bronzszobra a fővárosi Gesztenyés kertben
Fotó: MTI/Soós Lajos
Földi maradványait sem adták ki a hozzátartozóknak. Hamvait csak halála után ötven évvel sikerült Karel Schwarzenberg herceg, 2007-től 2009-ig a Cseh Köztársaság külügyminisztere segítségével megtalálni egy prágai tömegsírban. Esterházy János csak 2017-ben kaphatta meg a végtisztességet, amikor hamvait az e célra felépített alsóbodoki Szent Kereszt Felmagasztalása kápolnában helyezték örök nyugalomra.
A szent életű politikus tisztelete azonban már életében is kibontakozóban volt, halála után pedig annak ellenére erősödött, hogy az egyházüldöző kelet-európai kommunista rezsimek semmilyen lehetőséget nem hagytak a kultusz kivirágzására. Halála után a Rómában megjelenő magyar Katolikus Szemle nekrológjában nemzeti hősként és igaz keresztényként emlékezett rá: „Elítélték elsősorban, mert magyar volt, népének félelmet és megalkuvást nem ismerő képviselője; elítélték, mert igaz keresztény volt.” E két megállapítás azóta is fontos része élete mérlegének, de ahogyan egyre több dolog lett ismert földi zarándokútjának utolsó, megpróbáltatásokban eltöltött 12 évéről, úgy erősödött meg az a meggyőződés, hogy a rengeteg gyötrelmen átesett gróf életszentsége mindenki számára fontos példa lehet.
A börtönévek alatt egyedül húga, Mycielska Mária látogathatta időnként. Ugyanis ő lengyel férje révén nem csehszlovák állampolgár volt, ezért kevésbé volt kiszolgáltatva a magyarokat sújtó jogkorlátozó politikai intézkedéseknek. Esterházy János nővérének és édesanyjának viszont menekülniük kellett Csehszlovákiából. Esterházy Mycielska Mária háború utáni naplója az első és legfontosabb dokumentuma Esterházy János életszentségének, melybe gondosan lejegyezte a találkozások alkalmával szerzett tapasztalatait. Bátyja halála után ő próbálta kikérni a földi maradványokat, de a börtönparancsnok megüzente neki, hogy ahogyan életében, úgy halála után sem fogják soha megkapni az elítéltet.
A család tehetetlenségből eredő fájdalmát tovább súlyosbította az a félelem, hogy a hatalom birtokosai esetleg szétszóratták Esterházy János hamvait.
De ha eltemettetni nem tudták is, a meghalt lelki üdvéért miséket mondattak elsősorban szülőfalujában, Nyitraújlakon és Pozsonyban, de másutt is, ahol a család pap ismerősei éltek. Esterházy Mycielska Mária feljegyzéseiből az is kiderül, hogy ezeken a szentmiséken a hívek, szlovákok és magyarok egyaránt már-már szentnek kijáró tisztelettel emlékeztek meg Esterházy Jánosról, és ez a meggyőződés elterjedt a hatvanas-hetvenes évek kommunista Csehszlovákiájában.
A szlovákiai katolikusok a családtól kapott hírek alapján megtudhatták azt is, hogy Esterházy János a rá mért tengernyi szenvedést vezeklésként fogadta és ajánlotta fel. Önként vállalta a megpróbáltatásokat, és bár többször is elmenekülhetett volna, a keresztút végigjárását választotta. Istenkapcsolata, imaélete minden szenvedés ellenére rendkívül elmélyült és gazdag volt. Az ötvenes években letartóztatott katolikus papok, Esterházy János volt börtöntársai szabadulásuk után szintén életszentségének szilárd meggyőződését terjesztették. Tőlük tudható, hogy minden titokban tartott, illegális börtönszentmisén részt vett, és a miséző papok rendszerint rábízták a konszekrált kenyér őrzését.
A papok ugyanis nagyobb veszélynek voltak kitéve, jobban ellenőrizték őket, és egy-egy személyi motozás során el is kobozhatták és megszentségteleníthették volna az Oltáriszentséget. Esterházy Jánosra kevésbé gyanakodtak, ezért nála nagyobb biztonságban volt a kenyér. Egy felvidéki magyar pap börtöntársa, Lénár Károly „járó szentségtartónak” nevezte Esterházyt, aki a „morzsákat” – ahogy maguk között hívták az Eucharisztiát – elvitte a betegekhez, rászorulókhoz, szükségben lévőkhöz.
Életszentségének hírét a gulágról szabadult fogolytársai is terjesztették. Egyik sorstársa, a Dunántúlról elhurcolt Hetényi József visszaemlékezése szerint Esterházy Jánosban a magyarság szenvedő Krisztusát ismerték meg, aki életpéldájával és vigasztaló, bátorító szavaival lelket öntött sorstársaiba, és tanította, formálta a kényszermunkára ítélteket.
A vértanú politikus életszentségének a meggyőződése így, ha minden hivatalos formát nélkülözve is, de búvópatakszerűen terjedt a szovjet megszállás országaiban. A kelet-európai rendszerváltások után szabadabban lehetett beszélni és hírt adni Esterházy János életéről és haláláról, és e folyamat vezetett életpéldája és vértanúsága hírének egyre szélesebb körben való elterjedéséhez, illetve ahhoz, hogy hivatalosan is kezdeményezzék boldoggá avatását és rehabilitációját. Ez utóbbira ugyanis eddig csak Oroszországban került sor.