A Fővám tér és a Sáros (Gellért) fürdő közötti híd építését, a Rudas fürdő és az Eskü tér közti (azaz az Erzsébet) híddal együtt az 1893. évi XIV. törvénycikk rendelte el. A nemzetközi tervpályázaton a Fővám téri hídra Feketeházy János által készített terv lett a nyertes. A híd építése 1894. szeptember 1-jén kezdődött el. Az első kizárólag hazai erőkkel létrehozott, harmadik budapesti Duna-híd kiviteli terveit Gállik István, Beke József és Jurkinyi Jenő, a kapuzatok esztétikai kialakítását Nagy Virgil építész készítette el.
A híd ünnepélyes megnyitására a millenniumi ünnepségek keretében, 1896. október 4-én a névadó Ferenc József jelenlétében került sor. A németek Budapest ostroma alatt, 1945. január 16-án felrobbantották a hidat. Március 15-én pontonhíddal kiegészítve ideiglenesen forgalomba helyezték, de a fahidat 1946. január 10-én elvitte a jégzajlás, a főváros nyolc napig, a Kossuth híd átadásáig ismét híd nélkül maradt. Az újjáépítést Sávoly Pál tervei alapján Széchy Károly és Haviár Győző vezette, a szerkezetet a MÁVAG gyártotta és szerelte a többi híd roncsaiból kiemelt acélelemek felhasználásával. Az újjáépített hidat 1946. augusztus 20-án adták át a forgalomnak a háború után első állandó hídként, ekkor kapta a Szabadság híd nevet.