Előfordult, hogy egy négyfős baráti társaság négy kerékpárt kölcsönzött ki a fővárosi Gárdonyi téren, amiket a határidő lejárta előtt 15 perccel a Szent Gellért téren raktak le. Utóbb kiderült, hogy három kerékpárral nem volt gond, de az egyiknél valamiért nem érzékelte a rendszer, hogy időben visszaadták. Ezért másnap, amikor ismét bérelni akartak, egyiküknél 29 500 forint túlhasználati díjat mutattak ki lényegében amiatt, mert a rendszer nem jól működött.
A fogyasztó panaszt tett, mivel a túlhasználati díj levonása miatt a Mol–Bubi-kártyáján lévő egyenlege is lemerült. A vállalkozás azonban jogosnak tartotta követelését, mivel szerintük a bicikli több órán át lezáratlanul állt, és azt bárki elvihette volna. Egy másik ügyben a Döbrentei téren hagyták a bérlők a két biciklit, de a megfelelően lerakott kerékpárokat nem fogadta el a közbringaállomás. Másnap reggel észlelték is a hibát, ám ekkor már kerékpáronként 25 500 forintos büntetés gyűlt össze, amit a fogyasztók méltánytalannak tartottak. Mint kiderült, a Döbrentei téri állomáson lévő dokkolók rendezvény miatt eleve üzemen kívül voltak aznap, ám erről a helyszínen nem volt egyértelmű tájékoztatás. A vállalkozás mégis jogosnak tartotta a kirótt büntetést. Végül mindkét esetben egyezség született a békéltető testületi eljárásban.
A Mol–Bubi-kerékpárrendszert jeggyel vagy bérlettel lehet igénybe venni: létezik 24 órás, 72 órás vagy heti jegy. Ha a fogyasztó jegyet használ a kerékpár kivételéhez, akkor meg kell adnia a felhasználói azonosítót és PIN-kódot a kiválasztott kerékpár hátulján található érzékelőnél. Mol–Bubi-kártya használata esetén a kártyát a kerékpár hátulján található érzékelőhöz kell érinteni, a dokkolón villogó zöld fény és sípszó jelzi, amint a kerékpár kivehető. A bérleti szerződés maximális időtartama hat óra, ezután a közlekedési társaság már túlhasználati díjra tarthat igényt.
Ha a felhasználó leparkolja a kerékpárt (például megáll egy boltnál), azt lezárja, majd egy időre otthagyja, és eközben a jármű eltűnik, vagy megrongálják, a felelősséget a felhasználónak kell vállalnia. Ilyen esetben ugyanis a BKK nem tudja ellenőrizni, hogy a bérlő kellő körültekintéssel járt-e el. A későbbi kellemetlen meglepetések elkerülése érdekében a békéltetők azt javasolják: a fogyasztók győződjenek meg arról, hogy a kerékpár visszaadását érzékeli-e a rendszer. A bérlésekkel és a fizetési feltételekkel kapcsolatos részletes szabályokat a Molbubi.bkk.hu oldalon érdemes átnézni. Ha a bérléssel kapcsolatban gond merül fel, először a BKK ügyfélszolgálatán személyesen vagy telefonon, illetve a Molbubi.bkk.hu weboldalon kell írásban bejelentést tenni.