Ráégett az egykori radikális pártra két, decemberben vádemeléssel befejezett büntetőügy. Kovács Bélát, a Jobbik Európai Parlamenti (EP) képviselőjét az Európai Unió intézményei elleni kémkedéssel, valamint jelentős vagyoni hátrányt okozó, üzletszerűen elkövetett költségvetési csalással, háromrendbeli, folytatólagosan elkövetett hamis magánokirat felhasználásával vádolta meg a Központi Nyomozó Főügyészség (KNYF).
Kovács arra kényszerült, hogy kilépjen a pártból, igaz, az EP-mandátumát megtartotta, ügye azonban a támogatottságából vesztő Jobbik történetének egyik legkínosabb fejezete, még akkor is, ha a párt hivatalosan örül a vádemelésnek, mert – mint nyilatkozták – „végre kiderülhet az igazság”. Az ügy kirobbanása óta a Jobbik a Fideszt és a miniszterelnököt támadta, Kovács pedig még pert is kilátásba helyezett az ellene indult büntetőeljárásról beszámoló újságírók, valamint Orbán Viktor ellen. A párt azt állította: az ügyet szándékosan húzták el évekig.
Ezzel szemben az Alkotmányvédelmi Hivatal 2014 áprilisában tett feljelentést az Európai Unió intézményei elleni kémkedés bűntette miatt, majd május 12-én Polt Péter legfőbb ügyész indítványozta, hogy az Európai Parlament függessze fel Kovács Béla mentelmi jogát, erre azonban csak 2015. október 14-én került sor.
Ezután gyanúsíthatták meg Kovácsot azzal, hogy kémtevékenységet folytat egy idegen állam érdekében. Az ügy számos minősített bizonyítékot az tartalmaz, így a pert, amelyet még áprilisig ki is tűzhet a Fővárosi Törvényszék, zárt ajtók mögött tárgyalják majd.
A nyomozás ideje alatt az Európai Csalás Elleni Hivatal (OLAF) ajánlása alapján fiktív gyakornoki foglalkoztatások miatt 2015. október 16-án újabb eljárás indult. Kovács mentelmi jogát ismét ki kellett kérni, ezért a legfőbb ügyész 2016. szeptember 20-án költségvetési csalás és többrendbeli hamis magánokirat felhasználása miatt újabb indítványt tett az Európai Parlament elnökénél a képviselő jogi védettségének felfüggesztésére. Erről csak tavaly június 1-jén született döntés, majd – a büntetőeljárások egyesítése után – Kovács Bélával szemben decemberben emelt vádat a főügyészség.
Ugyancsak kínos lehet a Jobbik számára a bőnyi rendőrgyilkosság, amelynek elkövetésével id. Győrkös Istvánt vádolja a KNYF. A vádlott a Magyar Nemzeti Arcvonal (MNA) alapítója, a hungarista szervezet és maga Győrkös számos ponton kapcsolódott a Jobbik politikusaihoz. Így van ez Tyirityán Zsolt, a Betyársereg vezetője esetében is, aki ugyancsak tagja volt az MNA-nak.
Vona Gábor, a Jobbik elnöke egy interjúban el is ismerte, jóban van Tyirityánnal, aki egyébként szellemi atyjaként tekint Győrkösre. A Betyársereg egyik alapítója pedig a Jobbik alelnöke, Toroczkai László volt. A szervezet tagjai gyakori résztvevői voltak a Jobbik rendezvényeinek, ám a párt vezetése a szervezetszintű együttműködést nem ismerte el.
A Jobbik úgynevezett cukiságkampánya során a radikális szárny levált, a Betyárseregből pedig új radikális párt alakult.
Győrkös szervezete, az MNA 17 tagja ellen a rendőrség közösség tagja elleni erőszak előkészülete, illetve lőfegyverrel, robbanóanyaggal visszaélés miatt javasolt vádemelést, azonban erről még nem döntött az ügyészség. Ezzel együtt a hungarista vezér gyilkossági ügyének tárgyalását már márciusra kitűzheti a Győri Törvényszék.