Harminchat esztendeje, 1981. május 13-án, a Szűzanya fatimai megjelenésének évfordulóján a török állampolgárságú Mehmet Ali Agca merényletet hajtott végre az akkor 60 éves II. János Pál pápa ellen a vatikáni Szent Péter téren. Agca 17 óra 17 perckor sütötte el gyors egymásutánban négyszer a fegyverét, majd megpróbált elmenekülni.
Feltartóztatásában Camillo Cibin, a szentatya biztonsági főnöke mellett – mondhatni szimbolikus módon – egy apáca is részt vett. A támadó a Jobbikkal már többször hírbe hozott Szürke Farkasok (Ülkü Ocakları) tagja volt, és nem először kísérelte meg kioltani mások életét. Ami bizonyos: a szélsőséges, az iszlám és a törökök szupremáciáját hirdető szervezet bérgyilkosaként részt vett 1979. február 1-jén Isztambulban Abdi İpekci újságíró kivégzésében.
A pápa elleni akció ugyanakkor nem vagy nem csak a Szürke Farkasok számlájára írandó. Agca többször módosított vallomásában vissza-visszatért a bolgár titkosszolgálat, ezzel együtt a kommunista szál. Maga a pápa és környezete is arra gyanakodott, hogy a török szélsőségest a keleti tömbből bérelték fel, illetve segítették a merénylet végrehajtásában.
Abban ugyanakkor, hogy a „szürke farkas” keze nem remegett meg a lövések leadásának pillanatában, kétségtelenül nagy szerepe lehetett vallási meggyőződésének – erről árulkodik, amit elfogása után mondott: „a pápa az iszlám testvériség ellensége”.
A merénylet hátterét, részleteit máig homály fedi, számos bizonyíték szól amellett, hogy a tettes nem magányos bérgyilkos volt. A katowicei Nemzeti Emlékezet Intézetének kutatásai szerint egyértelmű, hogy a Szent Péter téren három fegyveres várakozott a megfelelő alkalomra, negyedik társuk pedig egy kézigránát tömegbe hajításával akarta biztosítani a kijutásukat. Őket azonban sohasem fogták el, és az időközben katolikus hitre tért Agca sem fedte fel kilétüket.
Agcát 1981 júliusában ítélték életfogytiglanra Olaszországban, de a pápa kérésére Carlo Azeglio Ciampi elnök 2000 júniusában kegyelmet adott neki. Kiadták Törökországnak, ahol börtönbe került; 2006-ban szabadult. Ismert, hogy a szentatya nem sokkal felépülése után meglátogatta a támadóját és megbocsátott neki.