A nyugat-bácskai Apatinban született, ahol az első világháborúig a németek voltak többségben. A művelt polgári réteghez tartozók arrafelé ugyanúgy beszéltek németül, mint magyarul.
– Az egyik dédnagymamám minden vasárnap megkérdezte, hogy voltam-e templomban? – Voltam. – Melyik misére mentél? A németre, a horvátra vagy a magyarra? – kérdezte. – A magyarra mentem. – És elénekelted a Himnuszt? – jött az újabb kérdés. Amikor igennel feleltem, egy pengőt kaptam – emlékezett gyerekkorára Kiefer Ferenc, akinek családja 1943-ban költözött Bajára. Középiskolai tanulmányait a bajai cisztercita gimnáziumban kezdte, de 1949-ben eltanácsolták. Akkor államosították az egyházi iskolákat, és mindegyik intézményben okot kerestek arra, hogy megfélemlítsék a diákokat.
– Nekem az volt a bűnöm, hogy faliújságot szerkesztettem, amelyen mindenfélékről tudósítottam. Némelyiket elkobozták, majd tárgyalást tartottak, hogy miket írtam például az egzisztencializmusról. Az is bűnöm volt, hogy nem írtam alá a Mindszenty József bíborost elítélő dokumentumot. Nevetségesnek tartottam, hogy tizenéves középiskolásokat ilyenre kényszerítenek. Az első körben négyünket, majd további nyolc diákot rúgtak ki – érzékeltette fiatalkorának egyik meghatározó élményét. Segédmunkásként, majd raktárosként dolgozott az akkori Sztálinvárosban (ma Dunaújváros).
Mikor engedték, a budapesti Fazekas Mihály Gimnáziumban érettségizett. Másodszor. Az elsőt ugyanis titokban a ciszterci rend zirci iskolájában tette le, ez sokkal komolyabb volt, mint az állami intézményben tett. Azt ígérték, hogy a bizonyítványát elküldik Rómába, de a futár lebukott.

Nem írta alá a Mindszenty József bíborost elítélő nyilatkozatot
Fotós: Havran Zoltán
Kitűnő érettségijének köszönhetően fel kellett hogy vegyék valamelyik egyetemre. A lélektan érdekelte, amelynek a műveléséhez orvosi diploma kellett. Felvételizett, de a bizottság nem szakmai kérdést tett fel, hanem ideológiait – persze hogy elutasították. Az idegen nyelvek főiskolájára is jelentkezett, oda be sem hívták. Pécsen történelem szakon tanulhatott volna, de ahhoz nem volt kedve. Végül a József Attila Tudományegyetem matematika–fizika szakára került, ahol 1956-ban szerzett diplomát. (Egyetemistaként orosz fordítói versenyt nyert.) Priusza miatt nem taníthatott gimnáziumban, és az egyetemen sem maradhatott. Soltvadkerten általános iskolai tanár lehetett, majd 1957 és 1961 között Baján oktatott németül matematikát – ugyanabban az épületben, ahonnan egy évtizeddel korábban kirúgták. Levelező tagozaton 1962-ben előbb németből szerzett másoddiplomát, majd 1965-ben francia nyelvből.
Baján sűrűn megfordultak a pesti egyetem tudósai, akik arra biztatták a matematikatanárt, hogy foglalkozzon nyelvészettel. – Az mi? – kérdezett vissza Kiefer Ferenc, hiszen az egyetemen nyelveket tanult. és nem nyelvészetet. Belevágott: nyelvtudással és matematikai háttérrel ideális munkatársa lett 1962-ben az MTA Számítástechnikai Intézetének.
A tudományágat magánúton megtanuló Kieferre hamar felfigyeltek, 1965–66-ban Ford-ösztöndíjas volt az Egyesült Államokban – végigjárta az ottani legfontosabb számítógépes, illetve elméleti nyelvészeti központokat. 1969–71 között a stockholmi egyetem vendégprofesszorának hívták. Ő pedig magyar kollégáit, illetve diákokat invitált a svéd fővárosba – minden költségüket fizette. 1973-ban került az MTA Nyelvtudományi Intézetébe, amelyet 1992–2002 között vezetett. Közben 1982-ben az ELTE általános nyelvészeti tanszékének egyetemi tanára lett.
Sokáig nem fogadták be a nyelvészek, mert azt mondták róla, hogy mit keres közöttük ez a matematikus, aki nem nyelvészként gondolkodik. Sokaknak az sem tetszett, hogy rendszeresen külföldön publikált. 1971-ben védte meg a nyelvtudományok kandidátusi, 1978-ban akadémiai doktori értekezését
– első körben leszavazták, amiből nagy botrány lett. 1987-ben megválasztották a Magyar Tudományos Akadémia levelező, 1995-ben pedig rendes tagjává.
Kilenc éven keresztül, 2008-ig a nyelv- és irodalomtudományi osztályt vezette. A külföldi akadémiák tagságával, egyetemek díszdoktora címmel elismert kutatót 2003-ban a Nemzetközi Nyelvészeti Társaság elnökévé választották.
– Mindig nagyon fontos volt a nemzetközi kapcsolatrendszer. Aki magyarként csak Magyarországon magyarul publikál, arról nem tud a nagyvilág – mondta a professzor, aki németül, franciául és angolul is írt cikket. Nyelvészként sajnálja, hogy a tudomány kizárólagos közvetítő nyelve az angol lett. A nemzetközileg elismert nyelvész az Akadémiai Aranyérem átvételekor kiemelte, hogy ez a díj kollégáinak és tanítványainak is szól. Ennek a gárdának köszönhető a magyar nyelvtudomány világhíre. És annak, hogy nemcsak saját, hanem általános nyelvészeti problémákkal foglalkoznak. – Az az igazán érdekes, ha az ember anyanyelvéből általános nyelvészeti kérdésekre keres választ – üzeni.
Kiefer Ferenc nem bánta meg, hogy nyelvész lett, és a lélektannal már csak amatőrként foglalkozik.
A matematikuslelke továbbra is megmaradt.